На фона на а война водени между човечеството и AI , емоционалният разказ на „Атлас“ разгръща малко вероятното партньорство между двама души. Докато смъртоносният AI войник Харлан планира да доведе до края на човешкото общество за ново царуване над Земята, Атлас Шепърд остава посветен на спирането на геноцидните му планове. В резултат на това жената – опитен анализатор на данни – се озовава да излита към далечна планета като част от мисия атака срещу измамната заплаха от ИИ. Обратът на събитията обаче оставя Атлас блокиран на извънземната планета GR-39 със Смит, задвижван от AI механичен костюм, като неин единствен спътник.
Следователно, за да я осигури оцеляване и поражението на Харлан, Атлас трябва да намери начин да преодолее недоверието си към ИИ и да се обедини със Смит. По време на цялата история Смит остава броня около Атлас, докато дуото непрекъснато се подлага на животозастрашаващи случаи, оставяйки зрителите да се тревожат за благосъстоянието на бота. СПОЙЛЕРИ НАПРЕД!
Smith е базирана на AI компютърна програма, създадена от ICN за мех костюмите на ARC, с които рейнджърите работят за бойни мисии. Всеки костюм има различен AI, оставяйки няколко подобни на Смит за всеки рейнджър. За да управляват костюма до най-пълните му възможности, рейнджърите образуват невронна връзка със своя AI, позволявайки на двете страни достъп до съзнанието на другите - или до банките с данни. По този начин рейнджърите и AI могат да работят като една функционираща единица в своите ARC костюми.
Въпреки това, същото се оказва проблем за Смит и Атлас. Първоначално, когато Атлас се присъединява към полковник Елиас Банкс на мисията му до GR-39 в галактиката Андромеда, тя го придружава само като специалист, а не като рейнджър. Независимо от това, след като Харлан атакува кораба им, Атлас се отделя от останалата част от групата, облечен в непилотиран ARC костюм. Следователно, въпреки че оцелява при падането от кораба, Атлас остава блокиран на планетата, пълзейки с армията на Харлан.
По този начин, тъй като Атлас е принудена да използва помощта на AI в нейния ARC костюм, Смит намира своето въведение в историята. Първоначално Атлас се опитва да продължи, без да формира невронна връзка със Смит поради вродените й проблеми с доверието, особено около изкуствения интелект. Въпреки това, достатъчно скоро една трудна ситуация не оставя жената без друг избор, освен да работи със Смит за тяхното общо оцеляване. Следователно, по настояване на Смит, Атлас се съгласява да започне формирането на невронна връзка. Както се оказва, процесът представлява по-голям ред, отколкото жената е осъзнавала.
За да формира стабилна невронна връзка, Атлас трябва да позволи на Смит достъп до най-дълбоките кътчета на мозъка си - особено предизвикателна задача за някой толкова пазен като жената. Все пак тя споделя истината за нея връзка с Харлан, чиято майка на Атлас, Вал , създаден. Колкото повече Атлас допуска Смит в мозъка си, толкова по-дълбока става невронната им връзка, увеличавайки шансовете им за оцеляване. Междувременно дуото преминава през опасната планета с аварийно кацналата спасителна капсула като тяхна крайна цел.
В крайна сметка, докато пътуването им ги отвежда близо до базата на Харлан, Атлас идва с идеята да постави географски етикет на местоположението, така че екип за извънредни ситуации да може да бомбардира района. Въпреки че случаят води до кратко несъгласие между Атлас и Смит, той също им помага да се разберат по-добре. По същата причина връзката между двамата се засилва неимоверно до момента, в който армията на Харлан неизбежно ги настига, което води до залавянето им. През това време Харлан разделя двамата и търси Атлас за кода за сигурност, който ще му помогне да премине през защитата на Земята.
Следователно, когато краят наближава, Атлас се оказва вързана и не може да спре Харлан. Въпреки това, след като нейният другар затворник, Банкс, разбира, че Смит е в същата пещера, той разкрива, че ботът все още има реактор, който ще му попречи да се изключи напълно. Като такава, в последния етап от битката им, Атлас трябва да завърши невронната си връзка със Смит, за да се събере отново с него и да има шанс да се бие срещу Харлан. В резултат на това тя носи своите тайни, позволявайки на бота да научи нейната роля в бягството на Харлан от неговото програмиране, което в крайна сметка го кара да тероризира хората.
Като демонстрират такава уязвимост, Атлас и Смит най-накрая се синхронизират, като се притичат взаимно на помощ. Обратно в костюма на ARC, Атлас си проправя път през армията на Харлан – със значителна помощ от Банкс – и влиза в последна конфронтация срещу творението на майка си. Въпреки че битката остава брутална и ужасна, Атлас и Смит се борят срещу Харлан със зъби и нокти. В крайна сметка дуото успява да спре Харлан, като Атлас извлича неговия процесор и убива всичко останало.
И все пак едно последно препятствие лежеше по пътя на Атлас и Смит. Основната функция на AI винаги е била да защитава рейнджъра в костюма и да гарантира оцеляването му. Като такъв, след като обезкърви значително количество от батерията му, Смит осъзнава, че Атлас може да има достатъчно кислород, за да стигне до спасителната капсула, само ако тя го изостави на планетата. Докато Атлас не би се замислил да спаси живота на AI в началото на филма, тя е разбита от решението на Смит.
В хода на приключенията им Атлас се влюби невероятно в Смит, създавайки приятелство с него, каквото не е постигнала дори с други хора. Смит съпреживяваше нейното минало и показа огромното си състрадание. Следователно Атлас все още не желае да се сбогува с него. Въпреки това техните затруднения ги принуждават към същата гибел. По този начин, когато спасителният екип пристига - след първоначалния SOS сигнал на Атлас, жената напуска планетата сама, произнасяйки прощалната молитва на Смит, „мир на падналите“, обратно към дезактивирания корпус на бота.
След това Атлас се връща към нормалния си живот - този път без заплахата от Харлан и неговата армия, надвиснала в далечината. Освен това тя също успя да се издигне в йерархията и стана официален рейнджър. В първия ден от запознаването си с новия си костюм ARC, Атлас избира същия стандартен глас, който избра със Смит. Като такъв, зловещо подобен AI комуникира с нея в нейния мех костюм. Въпреки това бързината и сарказмът на AI потвърждават, че ботът в мех костюма на Atlas наистина е Smith. Тъй като Смит се е деактивирал само на GR-39, вероятно INC е успял да извлече AI от стария костюм и да го инсталира в новата екипировка на Atlas. В крайна сметка Смит оцелява и се подготвя за нови приключения с Атлас.