Докато „Citadel: Honey Bunny“ достига последните си части, предизвикателствата на Рахи и Хъни нарастват, докато се опитват да оставят миналото си зад гърба си, без то да се връща да ги преследва. Различните конспирации, които ги поглъщат, заплашват да преобърнат живота им още повече и да извадят наяве нова информация за техните агенции. За Рахи това означава да се изправи срещу истината зад себе си негов наставник и бащина фигура, която му даде втори шанс за живот. Междувременно за Хъни безопасността и сигурността на живота на дъщеря й са на първо място, тъй като все повече тайни излизат от дълбините на предишни мисии. Двойката трябва да намери начин да изравни целите си и да изглади различията си от миналото. За съжаление, това се оказва трудно с опасни врагове по следите им. СПОЙЛЕРИ НАПРЕД.
През 1992 г. малка актриса, Хъни, намира за трудно да получи роля във филм, което я е оставило лишена от всякакъв вид финансова сигурност. Търсейки да й помогне да излезе от ужасната й ситуация, нейният приятел и колега от филмовата индустрия, Рахи Гамбхир, известен още като Бъни, й предлага възможност да работи в страничен концерт. Хъни приема предложението и се включва в несигурна шпионска мисия, където тя трябва да очарова прикрита мишена на високо ниво. За съжаление, мисията поема по грешен път и Бъни трябва да се намеси, за да я спаси от мъките. Бъни и неговите приятели от агенцията се докопаха до криптирания диск, който Хъни имаше за задача да намери. Въпреки това, по време на техния опит за бягство, агенцията губи един от своите агенти, Джаган.
Впоследствие Рахи представя Хъни на своя ментор и шефа на агенцията Гуру. Хъни е твърдо решена да влезе в гънките на операцията и Бъни се съгласява да я обучи. Те постигат бърз напредък през следващите седмици и месеци, но Гуру остава скептичен към нея и я държи ограничена до ролята на „капан за мед“. Междувременно разказът се прехвърля към 2000 г., когато се показва, че Хъни живее в курортен град с дъщеря си Надя. Те са близки със собственик на местно кафене, Вивек, който помага в домашния живот на Хъни. Нещата обаче се объркват, когато група неизвестни нападатели отвличат Хъни, докато дъщеря й бяга. Надя търси убежище при Вивек, но последният е убит от един от преследвачите. По-късно младото момиче се среща с майка си, след като последната някак си успява да избяга от похитителите си.
С напредването на историята двете едновременни сюжетни линии през 1992 г. и 2000 г. започват да се сближават, докато се установяват все повече и повече връзки. Оказва се, че Надя е дъщерята на Хъни и Рахи. Двамата се сближиха един с друг, докато той обучаваше Хъни за цял живот като агент в организацията на Гуру. Въпреки това, в някакъв момент по време на мисия в Белград, Хъни фалшифицира смъртта си и го накара да повярва, че тя и нероденото й дете са мъртви. Мисията беше ключова и се проведе в Белград, Сърбия, където Хъни се сближи с човек на име д-р Рагу Рао, който беше създал специално устройство за наблюдение, известно като Армада. С агенцията на Гуру и врага, търсещ Армада, Хъни се оказва хваната в огневите линии, за да реши кое е правилно и кое грешно и на коя страна може да се довери.
В края на сезон 1 Хъни и Бъни правят зашеметяващото откритие, че Гуру е използвал помощта на къртица в Цитаделата. Всъщност разкритието се оказва още по-шокиращо, когато се разкрива, че самоличността на лицето е не кой да е друг, а Zooni, главният директор на организацията. Тя ръководеше мисиите, ръководени от агент Шаан и неговите колеги, но си сътрудничеше с Гуру. По този начин както Цитаделата, така и агенциите на Гуру по невнимание работеха за една и съща цел за един и същи човек, Гуру. Всъщност ролята на Zooni като къртица се оказва ключова в разказа, защото без нейната помощ Гуру никога не би избягал от килията си, след като беше заловен по време на мисията в Белград.
Чрез ретроспекции се предоставя много повече контекст зад причините на Zooni да избяга от Цитаделата. Както се оказва, първоначално тя е била против всичко, което Гуру подкрепя, тъй като той е човекът, който изглежда е отговорен за смъртта на съпруга й Ринзи. Ринзи и Гуру бяха близки колеги в деня, когато работеха в Citadel. Въпреки това, поради недоразумение и грешка по време на мисия, Гуру пое вината за смъртта на Ринзи, въпреки че двамата имаха мечта един ден да напуснат Цитаделата и да създадат своя собствена организация. След като Ринзи си отиде, Гуру беше последвал този план. След като успя да убеди Zooni за целта си, тя реши да работи с него. В края Хъни помага на Цитаделата да изкорени нейното присъствие от организацията.
Несъмнено в центъра на вниманието в историята е устройството Армада. Д-р Рагу Рао изработи технологията с помощта на своите научни колеги, които работеха върху нея за доброто на човечеството. Мисията беше наблюдавана от Цитаделата, която имаше личен интерес в проекта. Те постоянно наблюдаваха Рао, в случай че някога изпадне в беда или бъде компрометиран. В крайна сметка те се нуждаеха от Рао, за да завърши проекта и да им предаде диска, за да запазят контрола над всички и да въведат нов тип общество. Имаше за цел да даде на Цитаделата възможността да наблюдава и проследява всеки индивид на планетата. Задачата им стана трудна, когато Гуру и агентите от неговата агенция се замесиха в слагането на ръка на Армада преди Цитаделата. Но години по-късно, през 2000 г., първият ще унищожи устройството.
Както е описано в разказа, устройството Armada попадна в ръцете на оперативните служители на Гуру в края на мисията в Белград. Въпреки че изглеждаше, че всичко върви по план, настъпи лек проблем, когато Цитаделата се сближи на тяхното местоположение, докато се опитваха да избягат от сръбската столица. В действителност Хъни беше информирал Цитаделата за местоположението на Армада и бе предал плановете на Гуру на врага. Чувстваше се все по-разочарована от начина на работа на Гуру и смяташе, че е на грешната страна. И все пак, дори и да дезертира, тя взе устройството на Армада със себе си и изчезна, след като симулира смъртта си. Години по-късно тя го притежаваше, което направи нея и дъщеря й мишена за Гуру и Цитаделата. За да разреши проблема, Бъни носи устройството на Гуру и го унищожава пред него.
Един от най-двусмислените и смразяващи елементи от края на първия сезон се върти около съдбата на семейството на Чако. След престоя си в агенцията на Гуру, Чако се жени и създава семейство с новата си жена, която няма представа за предишния му живот. Това отбеляза нова глава в живота му след миналия му опит в шпионския бизнес. Освен това, като се има предвид възпитанието му като сирак, семейният живот му позволи да навлезе във фаза, в която най-накрая можеше да получи това, което загуби като дете. Но това също го направи изложен на опасност, защото враговете му можеха да използват жена му и детето му срещу него. За съжаление това се случва накрая. Докато търси да спечели предимство, Кедър се появява в дома на Чако, където съпругата и детето му са беззащитни срещу агента. Смразяващо е, че когато Чако се връща у дома, той го намира празен.
Съдбата на семейството на Чако изглежда мистериозна и загадъчна, защото няма категорични отговори. Съществуват обаче две възможности – първата е съпругата и детето му да са били измъчвани и убити за информация къде се намира, а втората е Кедър да ги е отвлякъл. И двете действия са невероятно отвратителни, но от двете възможности смъртта им е по-жестокият удар. Изглежда малко вероятно да се е случило, защото когато Чако влезе в къщата, той определено би избухнал, ако види мъртвите тела на семейството си. Освен това, тъй като телата им изобщо не се показват, шансовете за смърт са малки, тъй като оставя много малко доказателства в противен случай. Така най-вероятният изход е семейството му да бъде отвлечено и Чако може да трябва да измисли начин да си ги върне в бъдеще.
Въпреки че Guru поставя като приоритет преследването на Хъни и дъщеря й през целия разказ, краят на първия сезон предоставя уникална резолюция. Конфликтът е приключен не чрез усилията на Хъни, а чрез усилията на Рахи. След години на служба под негово ръководство, Рахи има невероятно сложна, но дълбока връзка с Гуру, на когото гледа като на фалшив баща. Двамата споделяха много интимна връзка от самото начало, главно заради това как Гуру помогна на Рахи да намери цел в живота си, след като остана сирак на много млада възраст. Разбира се, след инцидента Гуру използва Рахи за целта и дневния си ред, като понякога дори използва психологически трикове, за да го държи в линия. Все пак Рахи има достатъчно уважение към мъжа, за да се появи и да се изправи лице в лице с него относно неговата вендета и да го накара да се откаже от нея.
Стратегията, която Рахи използва, е на честност и е привлекателна за най-добрата природа на Гуру. Истината по въпроса е, че Гуру беше твърде увлечен от плана си за по-добър свят и борбата си срещу Цитаделата. За Рахи обаче най-добрите качества на неговия наставник бяха как се грижи за сираците и ги кара да се чувстват цели. Рахи вярва, че на някакво ниво Гуру се грижи за всички деца, които е наел като свое собствено потомство, но по-специално той чувства, че Гуру има слабост към него. Тъй като Рахи беше един от най-добрите му агенти, Гуру изпита чувство на загуба, след като Рахи го изостави. Впоследствие нещата ескалираха още повече, когато той започна да преследва дъщерята на Рахи и неговата любовница Хъни. Като унищожава диска пред себе си, Рахи някак успява да принуди Гуру да види обосновката зад действията си и да се откаже, което той и прави.
Въпреки че най-накрая прекратяват различията с Гуру, Рахи и Хъни откриват, че заплахата за живота им и живота на дъщеря им все още съществува. Проблемът идва от Кедар, който решава да се противопостави на желанията на Гуру и преследва Рахи и Хъни, за да сложи край на живота им. Той вярва, че Гуру показва слабост, като пощадява Рахи и любовника му. Ето защо, за да затвори правилно главата без пропуснати краища, Кедар взема нещата в свои ръце и се заема да убие заклетите си врагове. За съжаление, това създава редица проблеми на Рахи и Хъни, тъй като те трябва да се подготвят и да се бият срещу силите на Кедар в дворцовия дом на предците на Хъни. Първоначално успяват да избягат, но се сблъскват с повече проблеми по пътищата. След като убеди Хъни да бяга с Надя, Рахи се бие с Кедар един на един, за да приключи нещата.
Крайната последователност е само двете сираци, които се изправят едно срещу друго поради неразбиране на заповедите на Гуру. Битката се оказа борба, тъй като двойката им е почти равностойна. Завършва с стрелба и нараняване един друг в процеса. Обърканата афера ги оставя и двамата подпряни на катастрофиралите коли, където най-накрая могат да обсъдят откровено методите на Гуру и как той манипулира и двамата да му служат понякога. Кедар научава истината за пътищата на Гуру от устата на Рахи, но това не изглежда да го засяга толкова много. Но през по-голямата част от историята той винаги е ревнувал от Рахи, защото Гуру го е рекламирал като по-добър агент. Но в крайна сметка Кедар променя решението си, тъй като решава да пусне Рахи, като му казва да избяга, докато все още има време. Той изглежда умира веднага след това.
Сезон 1 завършва на вълна с ранен Рахи, който се готви да се противопостави на няколко агенти, които се канят да наводнят улиците до позицията на Кедар. Междувременно Хъни и дъщеря й Надя чакат на доковете Рахи да се върне, за да може семейството да избяга като едно. За Рахи е труден сценарий да оцелее, като се има предвид размерът на силата, която ще се спусне на мястото му. Въпреки това, това може да бъде последната му смела постъпка, за да осигури бъдещето на любовника и дъщеря си. Колкото и почтено да изглежда това, малко вероятно е да се случи, тъй като Рахи все още има време да стигне до пристанището и семейството си. Той може да е тежко ранен, но все още може да избяга от трудната ситуация. Дори и да не успее да се срещне с тях навреме, оцеляване все още е възможно и той вероятно ще намери начин да направи точно това.